※コマンド入力可能なチップや、アイテムをくれる隠しキャラ等の情報は小ネタを参照
タイトル画面の星マーク
ゲーム中で特定の条件を満たすと、タイトル画面の「つづきから」の右の位置に、達成した条件に応じた色の星マークが表示される。
星マークは全部で7種類存在する。星マークの色と出現条件は下記の通り。
| 星マークの色 | 出現条件 |
|---|---|
| 黄 | ストーリーをクリアする |
| 青 | スタンダードチップ全200種を全て入手する |
| 黄緑 | フォルテGSを撃破する |
| 水 | タイムアタックにて対戦ナビ全14体の記録を全て更新する |
| 紫 | メガクラスチップ全85種を全て入手する(配信限定チップ「パンク」は対象外) |
| 赤 | SPナビ全17体を全て撃破する |
| 橙 | P.AメモNo1～32を全て登録する |
通信対戦限定入手の隠しチップ
通信対戦にて、「ほんばん」のルールで対戦を行い勝利すると、1/32の確率でデータライブラリ未登録のスタンダードチップを入手することが出来る。
※GBA版、WiiUバーチャルコンソール版の場合、上記の条件に加え、「ミドル級」以上のモードで対戦を行っている必要がある
この時、両方のプレイヤーがスタンダードチップ全200種を全て入手済(タイトル画面に青色の星が表示されている状態)の場合は、代わりに通信対戦限定のギガクラスチップ「リョウセイバイ(Y)」(BLACK版は「デルタレイエッジ(Z)」)を入手できる。
※WiiUバーチャルコンソール版では通信対戦機能が無い代わりに、メニューの「つうしん」を選択すると、自動で上記の通信対戦限定チップに加え、イベント限定配信チップである「パンク(P)」「フォルテGS(X)」と、別バージョンとの通信限定で入手できる「ボウルマンV1～V4(B)」(BLACK版は「ミストマンV1～V4(m)」)を入手できる
シークレットエリア
よかよか村の露天風呂の奥にある洞窟内のサーバーからウラインターネット7にプラグイン後、ストーリークリア済かつ、スタンダートチップを100種類以上入手した状態で中央にある大穴を調べると「シークレットエリア」に進むことが可能。
シークレットエリア内の各エリアでは、モノリスと？マークのトビラが道を塞いでいる箇所がいくつか存在する。モノリスはウラインターネット7にあるアイテム「グレートハンマー」で破壊することができ、？マークのトビラは各トビラに対応する条件を達成することで解除が可能。
各エリアの？マークのトビラを解除するための条件は下記の通り。
| エリア | トビラ | 解除条件 |
|---|---|---|
| エリア1 | ちえのトビラ | クイズくん、クイズマスター、クイズクイーン、クイズキングの各クイズに全問正解 |
| エリア1 | けいけんのトビラ | スタンダートチップを140種類以上入手 (解除後ダークマン出現) |
| エリア2 | しんらいのトビラ | 依頼掲示板の全ての依頼を達成 |
| エリア2 | ちからのトビラ | ギガクラスチップを1種類以上入手 (解除後ヤマトマン出現) |
| エリア3 | いつくしみのトビラ | 飼育ウイルスを8種類以上飼育 |
| エリア3 | めいよのトビラ | スタンダードチップ全200種を全て入手する (解除後セレナード出現) |
シークレットエリア3の最深部にて「セレナード」を撃破後、同エリアにあるバグピーストレーダーに累計300個以上バグの欠片を投入した状態で、1度プラグアウトを経た後にバグピーストレーダーに近づくと「フォルテGS」との戦闘になる。
フォルテGSを撃破すると、ギガクラスチップ「フォルテ(X)」(BLACK版は「フォルテアナザー(X)」)を入手できる。
タイムアタック
フォルテGSを撃破すると、シークレットエリア内にてこれまで戦った各V2ナビと再戦して撃破タイムを競う、タイムアタックに挑めるようになる。
タイムアタックはシークレットエリア各地に居る対戦ナビ毎の受付に話しかければ挑戦可能。なお、タイムアタック挑戦時は通常のチップフォルダは使用できず、フォルダ内容が既定のチップ構成で固定となる、予備フォルダでの挑戦となる。
タイムアタックでは、レコード初更新前は挑戦する各ナビ毎にセレナードの規定タイムが設定されており、全14体のナビの規定タイムを全て更新すると、報酬としてギガクラスチップ「セレナード(S)」(BLACK版は「ダークネスオーラ(A)」)を入手できる。
ちなみに、アドバンスドコレクション版での追加機能であるバスターMAXモードをONにしている場合、レコードが更新できないので注意。
SPナビ解放コマンド
本作ではゲーム内で特定の条件を満たすと、条件に対応した全7種の星マークがタイトル画面に表示される。そして、SPナビ解放コマンドを入力するには、赤(SPナビ全種撃破)、橙(P.Aメモ全種登録)を除く5種類の星マークをタイトル画面に出現させる必要がある。
上記の条件を満たした状態で、タイトル画面の「つづきから」にカーソルを合わせ、←を入力しながら「R・R・Ｌ・Ｒ・Ｌ・Ｒ・Ｌ・Ｌ」とコマンドを入力すると、効果音が鳴り、同時にタイトル画面の星の位置が少し左に寄る。
上記コマンド入力後、各V3ナビを超える強さを持つSPナビが、電脳世界の各エリアの固定位置に出現するようになる。なお、各SPナビとの戦闘は、共通でSPウイルス3連戦→SPナビ戦の計4連戦の流れで行われ、途中で敗北した場合は1戦目からやり直しとなる。
各SPナビを撃破した際は、バスティングレベルに関わらず、対応するナビのV5チップを入手できる(セレナードSP、フォルテSPはV5チップの代わりに10000Zを入手)。なお、各SPナビはV2ナビと同様、撃破後の再戦は不可。
各SPナビの出現場所は下記の通り。
| SPナビ | エリア名 | 出現位置 |
|---|---|---|
| ガッツマンSP | デカオのHP | 秋原エリア1のワープポイントから左下に進んだ端 |
| ブルースSP | ジゴク島エリア | 下層の右上にある広場の右側 |
| フラッシュマンSP | 校長ノートPCの電脳2 | エリア左側の広場のサーバから向かい側に進んだ端 |
| ビーストマンSP | どうぶつえんの電脳3 | 足場が檻になっている場所の左上の道を進んだ突き当り |
| バブルマンSP | よかよかエリア2 | 上層のプレスプログラムで渡れるL字型の道の先の突き当たり |
| デザートマンSP | ちゅうけいしゃの電脳 | 入口から右上に進んだ隅 |
| プラントマンSP | びょういんの電脳3 | 左上の入口から左下に進んだ突き当り |
| フレイムマンSP | ウラインターネット3 | エリア右上の4つの燭台に囲まれた広場の左上の燭台の右側 |
| ドリルマンSP | ウラインターネット5 | エリア左上の広場の突き当たり |
| メタルマンSP | たま子のHP | 旅館前のスピーカーから入って左下の道が3本に分かれている場所の中央の道を進んだ突き当たり |
| キングマンSP | TV局コンパネの電脳 | 入口から左下に進んだ突き当たり |
| ミストマンSP | ネットバトルマシンの電脳 | 入口から左上に少し進んだ位置 |
| ボウルマンSP | ネットバトルマシンの電脳 | 入口から右下に少し進んだ位置 |
| ダークマンSP | シークレットエリア1 | ウラスクエアの入口から左上に進んだ先の通路の突き当たり |
| ヤマトマンSP | シークレットエリア2 | エリア上部の見えない道を渡った先の広場の突き当たり |
| セレナードSP | シークレットエリア3 | 大階段を上った先の突き当たり |
| フォルテSP | シークレットエリア3 | バグピーストレーダーがある広場から見えない道を渡った先の突き当たり |
プロトSP
タイトル画面に条件達成に応じて表示される星マークを、7種類全て表示させた状態でラスボス戦に挑むと、通常時のラスボスであるプロトの代わりに、強化バージョンである「プロトSP」が出現する。
プロトSPはHP3000の強敵だが、撃破するとエンディング後にプロトSP撃破時専用のイラストが表示され、加えて初回撃破時の場合はギガクラスチップ「プロトアームΣ(V)」(BLACK版は「プロトアームΩ(V)」)を自動的に入手する。
なお、プロトSPは各種SPナビとは異なり、1度撃破した後でも再戦が可能。
