サイトスタイルの発現は1度限り
全てのV3ナビをバスティングレベルSで撃破した状態でスタイルチェンジを発生させると、究極のスタイルであるサイトスタイルが発現する(発現条件やスタイルの特徴等の詳細は隠し要素を参照)。
ただし、サイトスタイルはゲーム中1度限りしか発現しない。そのため、他のスタイル発現時の上書きや、「つうしん」のスタイルトレードでサイトスタイルを失った場合、自力では2度とサイトスタイルを取得することは不可能。
※アドバンスドコレクション版ではサイトスタイルはトレード不可
サンクチュアリの入手は1度限り
本作の隠し要素であるハードモードでシナリオをクリアすると、初回に限り通常モードのセーブデータにて「サンクチュアリ」のチップを入手する。
サンクチュアリのチップを入手できるのはハードモード初回クリア時の1度きりで、チップトレーダーからの入手もできないため、サンクチュアリの複数枚の入手は不可(別セーブデータから通信機能で複数枚入手することは可能)。
なお、サンクチュアリのコードは入手時にA/C/E/L/Sからランダムで決まるが、ハードモードのエンディング後に通常モードにサンクチュアリが追加された後、自動でセーブが行われるため、セーブ＆ロードによるサンクチュアリのコードの厳選は不可(※)。
※アドバンスドコレクション版にて、システムデータごとバックアップが可能な環境であれば、ハードモードのゴスペル戦前のデータをバックアップ＆復元することでサンクチュアリのコードの厳選が可能。
受信できる時期が限られているEメール
ゲーム開始直後に5A教室にいる女の子に話しかけると、Eメールの読み方等の操作方法を聞くことができ、会話直後に主人公のPETが、件名「ウイルス またふえる！」のメールを受信する。
ただし、この女の子はエアーマン撃破後以降はいなくなってしまうため、エアーマンを撃破する前に女の子に話しかけていなかった場合、件名「ウイルス またふえる！」のメールが受信できなくなってしまう。
上記のメールを受信しなかった場合でも特に実害は無いが、Eメールの取りこぼしが気になる場合は注意。
ミステリーデータのオープンロックが取得不可になる
オープンロックは、ロックされている紫色のミステリーデータのロックを解除することが出来るサブチップで、オフィシャルセンターロビーやアメロッパ城にいるサブチップ売りから購入することが可能。
オープンロックはサブチップ売りから購入する以外に、各地の電脳世界(※)のミステリーデータから3つ入手することが出来るが、オープンロックを所持数上限まで持っている場合は、オープンロックが入っているミステリーデータを開けることが出来ない。
※主人公の家のコントロールパネル、アメロッパ城の女神像、ウラインターネット5
加えて、オープンロックは紫色のミステリーデータのロック解除時にしか消費できないため、各地の紫色のミステリーデータを全て解除済みで、かつオープンロックを所持数上限まで持っている状態の場合、オープンロックが入っているミステリーデータが永久に開けられなくなってしまう。
紫色のミステリーデータを全て解除済みであれば、オープンロックは不要なので特に実害は無いが、ミステリーデータが取得できずエリアに残ってしまうのが気になる場合は注意。
